超凈工作臺原理是在在特定的空間內，室內空氣經預過濾器初濾，由小型離心風機壓入靜壓箱，再經空氣高效過濾器二級過濾，從空氣高效過濾器出風面吹出的潔凈氣流具有一定均勻的斷面風速，可以排除工作區原有的空氣，將塵埃粒子和生物顆粒帶走，以形成無菌高潔凈的舒適工作環境。

水平層流超凈工作臺與垂直層流超凈工作臺的區別具體有哪些：

基本原理大致相同,都是將室內空氣經初效過濾器初濾,再由離心風機壓入靜壓箱，再經過高效空氣過濾器過濾，由此送出的潔凈氣流以一定均勻的斷面風速通過無菌區，從而形成無菌、無塵的高潔凈度工作環境。

只是兩種超凈工作臺的氣流方向不同，外流式(水平式)是使凈化后的空氣面向操作者流動,因而外方氣流不致混入操作區，但如進行有害物質實驗操作則對操作者不利。水平式凈化工作臺工作多為開放時沒有防護擋板雖然操作和拿取物品較為方便，但可能受外界氣流的影響而引起不接空氣混入。

側流式工作臺是空氣凈化后的氣流從左或右側通過工作臺面流向對側，也有從下向上流向或從上向下對側，都能形成氣流屏障保持工作區無菌。但在凈化氣流和外邊氣體交界處會因為氣流的流動出現負壓，使少許未凈化空氣混入,有發生污染的可能，側流式凈化臺結構較為封閉，一般僅留兩個手臂伸入的圓洞，操作和拿取較大物品不夠方便。

超凈工作臺主要是用高效過濾器來凈化空氣的，其高效過濾器是用一定的使用壽命的，需要定期更換。如果本身工作臺處于較干凈的環境中，如GMP車間內，那更換頻率較低；如果只是普通實驗室，應兩年換一次高效過濾器，以保證效果。